电影《新·奥特曼》的剧情围绕突然出现的巨大不明生物“祸威兽”展开。这些生物在日本成为了日常，常规武器对它们毫无效果。面对这样的危机，日本政府集结了专家，设立了“祸威兽特设对策室专职班”以应对。

随着祸威兽的威胁日益加剧，一个银色的巨人突然从大气圈外出现。这个巨人就是奥特曼，他与人类携手，共同对抗这些威胁地球的生物。在战斗中，奥特曼不仅展现了强大的战斗力，更体现了其守护地球和人类的决心。

除了与祸威兽的战斗，剧情中还穿插了人类社会的反应，以及对奥特曼身份的猜测和揭秘。整个故事紧张刺激，又不失温情，展现了奥特曼作为宇宙英雄的形象，同时也反映了人类社会在面对未知和危机时的团结与勇气。